Moi je suis en DNG mais je en sais pas pourquoi non plus 
peut-être parce que c'est le "standard" bien que les logiciels s'adaptent de plus en plus aux formats propriétaires de chaque marque  ;)

Le plus souvent en lumineux avec saturation -1, balance des blancs en lumière du jour légèrement corrigée (M+1 A+2) car un peu trop froide par défaut à mon gout,, pas de vérouillage de l'expo (pour pouvoir effectuer MAP et AE séparément au cas où), après niveau ergonomie c'est molette arrière pour l'ouverture et avant pour la vitesse

J'ai aussi 2 ans de IST DS derrière moi... avant le k20d. Perso je change le ton de l'image en fontion des situations (je fait si possible plusieurs photos test avant) et limite la sensiblilté à 320 iso. J'utilise de préférence le mode manuel, il laisse plus de liberté dans le choix de vitesses ou de diaphragme, sauf avec le flash ou je travail en mode p. J'utilise également le mode USER dans lequel je pgogramme des valeurs différentes.Avec un boitier come le k20d ça vaut la peine de faire quelques essais!!!

Raw, naturel, DNG... Mode AV et surtout manuel.

Pour DNG plutôt que Pef... DNG est un format adopté par adobe qui me garantit de pouvoir traiter mes raw sans problèmes d'ici la disparition du pef... Sait-on jamais.

Perso, toujours réglé en Av, molette avant réglage sensibilité, molette arriere (pouce) ouverture.
En general entre 100 et 1250iso (idealement sous les 800), DRange désactivé: ca m'a fait perdre trop de photos, surtout qu'après avoir fait qques comparatifs, la dynamique est tout a fait similaire, à une exception près:
en Drange, on a plus de HL, mais moins d'ombre, et inversement sans le DRange.

Sinon PEF (ca prend moins de place ), et mesure spot, map centrale, stigmo...

Mode : AV en général
molette avant : correction d'expo
raw + jpeg pour simplifier le tri
ISO auto limité à 400 iso mais je suis généralement à 100 ISO
Je ne dédaigne pas le mode auto (priorité MTF soit plage de diaph optimisée pour l'objectif)
Expo matricielle
MAP centrale pour les photos à la volée et sélective si j'ai le temps de réfléchir